I 1998 bliver Cirkusteatret etableret af René Baldoni. Herefter udvikles drømmen om et rigtig cirkus sig til, at Cirkus Baldoni ser dagens lys i 2001 og starter i 2002 sin første sæson op i Roskilde den 23. april 2002. Fra starten har det været René Baldonis drøm, at det skal være cirkus med artister fra hele verden, og sådan har det været siden, hvor Europa, Asien, Afrika og Sydamerika har været repræsenteret i manegen.
I 2001 kom Cirkus Nissesjov på programmet og har været en årlig begivenhed siden. I 2007 bliver Færøerne taget med på programmet og har hvert år siden haft besøg af cirkus og artister i 10 byer og bygder. Siden 2015 har der været aktiviteten "Børn i Manegen", hvor børn kan prøve kræfter med artist jobbet, dette har i årene frem udviklet sig til årligt 30 arrangementer.
I 2006 købes et nyt telt til 600 personer, som igen i 2009 og 2011 bliver udskiftet ligesom diverse materiel løbende erhverves til den daglige drift.
Som det første cirkus i verden blev sæsonen 2020 p.g.a. corona epidemien først startet den 6.juni frem til 26. september, hvorefter sæsonen fortsættes indendørs i haller.
Cirkus Baldoni har vinterkvarter i den sjællandske by Tureby.